【明日直播】通过Oxford Nanopore单细胞全长测序和空间分析揭示生物学的新维度

发表时间：2023-07-14 17:53作者：Marketing

对单个细胞进行基因组和转录组异质性分析为许多研究领域提供了新见解。利用传统的短读长测序技术进行单细胞测定存在局限性：例如，在转录组研究中无法在异构体方面确定转录本丰度。纳米孔长读长测序能够解决这些挑战，可以在单条读长中对全长转录本和大基因组区域进行端到端的测序，并覆盖重复区域和结构变异。

2023年7月13日，我们邀请到多位嘉宾分享自己使用纳米孔单细胞测序进行的研究：首先， Daniel Garalde将概述Oxford Nanopore纳米孔测序针对单细胞全长测序以及空间分析的解决方案。Ruli Gao将介绍处理高通量单细胞纳米孔RNA测序数据的方法，Ruta Sahasrabudhe将分享自己与团队在PromethION平台上对单细胞cDNA文库进行测序的经验。

会议信息

会议时间：北京时间7月13日14:00-15:15

会议语言：英文

报名方式：扫描下方二维码免费报名参加

会议日程

嘉宾简介及演讲摘要

个人简介：Ruli Gao博士，生物化学与分子遗传学助理教授，美国西北大学Robert H. Lurie综合癌症中心成员。Gao博士在佛罗里达大学获得了统计学硕士学位和基因组学博士学位，并在MD安德森癌症中心接受博士后培训。她的研究重点是开发单细胞测序和计算方法，以研究肿瘤进化模型以及各种人类疾病的细胞和分子机制。

演讲摘要：新兴的长读长单细胞测序技术是对单个细胞进行多组学分析的有效方法。Ruli Gao博士将在会上介绍自己最近关于scNanoGPS开发的研究。scNanoGPS是一种处理高通量单细胞纳米孔RNA测序（scNanoRNAseq）数据的计算方法，用于计算单细胞的基因型和表型特征。scNanoGPS方法可完全独立地将长读长序列分配到单个细胞和分子中，而无需匹配的NGS数据或条形码白名单进行引导，大大简化了实验流程，并且更加便于进行scNanoRNAseq的数据分析。

个人简介：Ruta Sahasrabudhe博士，加州大学戴维斯分校DNA技术和表达分析核心实验室的助理项目研究员。Ruta博士获得了孟买大学医学与外科学士（MBBS）学位和匹兹堡大学生物科学系博士学位。她在加州大学戴维斯分校Carvajal-Carmona实验室进行了博士后研究，主攻方向为癌症遗传学。随后她于2017年以研究员身份加入了DNA技术和表达分析核心实验室。她目前专注于开发和实施长读长DNA和RNA测序方案。

演讲摘要：DNA技术和表达分析核心实验室利用多个新一代测序平台提供高通量和定制测序服务。作为PromethION早期试用计划（PEAP）的一部分，我们于2018年开始使用高通量PromethION P24设备，对各种类型样本进行纳米孔测序。单细胞RNA测序已经彻底改变了转录组学研究。借助长读长测序技术，可以对全长转录本和剪接变体进行研究，为了解健康和患病状态下的异构体多样性提供独特洞察。在过去两年里，我们在R9和R10测序芯片上，对一些单细胞cDNA文库进行了测序。这些单细胞cDNA样本大多是使用10X基因组学铬平台生成的。我们还对通过Parse Biosciences SPLit-Seq技术生成的cDNA进行了测序。在本次演讲中，我们将介绍在PromethION上对这些单细胞cDNA文库进行测序的经验。

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使任何人，在任何地点

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